Pärnu Jalgpalliklubi asutati 1989 aastal. Klubi presidendiks valiti Helmut Hunt, kes juhtis klubi tegevust kuni aastani 2013. Seejärel oli klubi presidendiks Andres Alari kuni 2016/17 hooaja järel võttis ohjad üle Raio Piiroja. Pärnu Jalgpalliklubi ei ole Eesti esimesel iseseisvusajal tegutsenud Pärnu Jalgpalliklubi õigusjärglane.
Klubi põhiülesandeks on lastele ja noortele sportimisvõimaluste loomine, läbi millise tegevuse loome teadlike treeningprotsesside kaudu eeldused noortele jõudmaks jalgpallurina Pärnu linna esindusvõistkondadessse ja Eesti rahvuskoondistesse.
Treenerite juhendamisel tegutseb käesoleval ajal klubis 300 noorsportlast ja Esiliigas mängiv esindusmeeskond ning III liigas mängiv duubelmeeskond.
Klubil on mitmeid nimetamisväärseid saavutusi:
- PJK meeskond (treener Jüri Saar) – 1990.a. Eesti karikavõitja,
- PJK naiskond (treener Jüri Saar) – kolmeteistkümne kordne Eesti meister (viimati aastal 2017), mitmekordne Eesti karikavõitja , mitmekordne superkarikavõitja. Pärnu Jalgpalliklubi naiskond jõudis 2013 aastal UEFA naiste meistrite liigas 32 tugevama klubinaiskonna hulka, millist edu polnud senini saavutanud ükski Eesti pallimängu klubivõistkond ei meeste ega naiste arvestuses.
- noortevõistkonnad on võitnud Eesti meistrivõistlustelt mitmeid erikarva medaleid.
PJK kasvandikest ja mängijatest on aastate jooksul kuulunud rahvusmeeskonda õige mitmeid mängijaid: Sergei Ratnikov, Igor Prins, Jaanus Veensalu, Raio Piiroja, Teet Allas, Sergei Hohlov-Simson, Indrek Zelinski, Sergei Terehhov, Karl Palatu, Marek Lemsalu, Martin Vunk, Taavi Rähn, Sergei Zenjov, Sergei Mošnikov jt.
Rahvusnaiskonnas on mänginud klubi mängijatest Maarja Virula, Ketlin Saar, Liivi Sõrmus, Elis Meetua, Heleri Saar, Anastassia Morkovkina, Irja Koikson, Andra Karpin, Varje Tugim, Annika Tammela, Kairi Himanen, Berle Brant, Anete Paulus, Liisa Lilleste, Gerlin Naisson, Inna Dubrovina, Aljona Malets, Kaire Palmaru, Margarita žernosekova, Getter Laar, Kristina Bannikova jt.